A Igreja Presbiteriana Bom Pastor é uma igreja confessional, que adota, como única regra de fé e prática, as Escrituras Sagradas, do Antigo ao Novo Testamentos, e, como sistema expositivo de doutrina e prática, a Confissão de Fé e os Catecismos Maior e Breve de Westminster.

a) Cremos que a Bíblia é inspirada e inerrante, a única regra infalível de fé e pratica;
b) Cremos num único Deus Criador e Sustentador de todas as coisas, o qual subsiste em três pessoas: Deus Pai, Deus Filho e Deus Espírito Santo;
c) Cremos na total depravação da natureza humana, a qual impossibilita o ser humano de realizar a sua própria salvação;
d) Cremos que Jesus Cristo é o único meio da salvação para o ser humano. A salvação é pela graça por meio da fé;
e) Cremos que somente o evangelho por intermédio da ação do Espírito Santo tem poder para salvar e transformar vidas;
f) Cremos que a igreja é composta por todas as pessoas que foram salvas pela fé em Jesus Cristo e santificadas pelo Espírito Santo;
g) Cremos na segunda volta de Cristo, na ressurreição do corpo, na vida eterna e no juízo final.

A Igreja Presbiteriana Bom Pastor tem um sistema de governo eclesiástico conciliar e representativo. Todas as suas decisões doutrinárias, administrativas e disciplinares são tomadas pelo Conselho local, pelo voto da maioria dos seus integrantes.

A Igreja Presbiteriana Bom Pastor tem como marcas de uma verdadeira igreja a pregação e o ensino fiel da Palavra de Deus, a administração correta dos sacramentos (batismo e santa ceia) e a aplicação da disciplina cristã. Ela está preocupada com o bom testemunho e o crescimento espiritual dos seus membros e não quer ser escândalo para o nome do evangelho. Estimula a comunhão entre os irmãos e o exercício dos dons espirituais, a fim de que cada membro sinta-se útil no serviço a Deus e ao próximo.

A Igreja Presbiteriana Bom Pastor é uma comunidade de adoradores. Ela incentiva e promove o culto em espírito e em verdade, racional, dialogal, santo, reverente e agradável a Deus. Entendemos que o culto a Deus deve ser prestado de três formas: culto individual, culto familiar e culto comunitário. Os cultos comunitários seguem uma temática bíblica e são prestados com os elementos bíblicos (leitura e pregação da Bíblia, oração, hinos e cânticos espirituais, ofertório e celebração dos sacramentos).

A Igreja Presbiteriana Bom Pastor é uma igreja missionária. A sua visão é ser uma igreja missionária, evangelizando, plantando igrejas e expandindo o Evangelho em todas as partes do mundo. A igreja tem um compromisso com missões urbanas e transculturais.